新疆农业科学院经济作物研究所成立于1979年2月，2021年与国家棉花工程技术研究中心合并，主要承担棉花、甜菜、油料等经济作物遗传育种、模式栽培和新品种、新技术示范与推广。现有专业技术人员96人（其中正高级职称34人）,博士32人，博士后5人，博士在读9人，享受国务院特贴4人、国家百千万人才、农业农村部神农英才、自治区科技进步特等奖各1人、自治区有突出贡献专家2人、创新*人才3人，青年科技奖3人，优秀专家5人。国家棉花工程技术研究中心，国家（棉花、甜菜）改良乌鲁木齐分中心、国家棉花原原种基地、国家甜菜原原种基地，自有土地4500亩。“十三五”以来，承担项目261项，2024年总经费2.2亿元。主持成果获国家科技、自治区科技进步奖、技术发明奖等奖25项。审定（登记）品种41个；获授权专利68项、植物新品种权保护27项；标准56项；SCI 、EI 收录72篇 ；主编 、参编著作36部 。品种转让54 个 、转化6283万元。在南北疆建有科研平台4个、科研试验示范基地8个、试验站6个，科研试验面积4500余亩。获农业农村部全国农业农村系统先进集体、全国五一劳动奖章、自治区开发建设新疆奖状、劳模和工匠人才创新工作室、科技先锋号等。
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