黔西南州农业科学研究所成立于1966年，下设办公室、科研管理科、成果开发科、实验农场、玉米研究室、水稻研究室、旱作研究室、园艺草地开发研究室及黔西南兴农种业有限公司，现有科研实验田地325亩（其中水田196亩，旱地84亩，渔塘45亩）；现有在职职工52人，其中：管理人员6人，专业技术人员总数27人（研究员1人，高级农艺师5人，农艺师8人，助理农艺师13人）；工勤技能人员19 人（高级工12人，中级工4人，初级工2人，普通工1人）。
黔西南州农业科学研究所长期从事杂交玉米、水稻、小麦等新品种育研究及推广工作。“八五”以来，共承担国家、省、州重点科技（攻关）及国家科技成果转化资金等项目48项，获科技成果奖28项，选育出了兴黄单892、兴黄单901、兴黄单999、兴黄单988、兴海991、兴海201、兴单12等系列杂交玉米20余个，小麦品种12个、水稻品种5个，引进鉴定推广的杂交水稻20余个。其中选育的兴黄单892通过贵州、云南和国家审定，该品种在贵州、云南、广西喀斯特山区大面积应用推广，有效解决了山区杂交玉米上山难的“瓶颈”问题。黔西南州农科所已初步形成了集育、繁、推一体化，科技创新能力较强的综合性农业科研机构。
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